小麦全蚀病的病菌主要来源于残存在土壤里的带菌根茬以及混杂有病根、病茎、病叶鞘等残体的粪肥、种子三种途径。因此，控制病害必须做到保护无病区，封锁零星病区，压低老病区病情；因地制宜，实行轮作倒茬，增施有机肥、磷钾肥，选用耐病丰产品种，深翻倒土；辅助于药剂拌种是防病的重要措施。
1 轮作倒茬
全蚀病随寄主作物复种指数和连作次数的增加逐年加重，而与非寄主作物(如蔬菜、棉花葱蒜等)轮作1~2年的麦田(微博)，病情明显减轻。采用重病田大轮作，轻病田小换茬。具体是重病田种植小麦1年以上，改种蔬菜、棉花、油菜等作物；轻病田小麦收获后，复种花生、大豆、葱、白菜、萝卜等非寄主作物。
2 坚持五改
2.1 改低茬收割为高茬收割 全蚀病病菌侵染部位仅限于小麦根部和茎基部15cm以下。高茬收割可有效控制种子间残体带菌。收割后及时清除田间麦茬，集中处理；
2.2 改常温沤肥为高温发酵灭菌沤肥 由于常温沤肥不能使病菌死亡，将大量病菌带入田间，扩大发病面积。而经高温发酵灭菌处理后的粪肥，病菌存活率为0。高温发酵灭菌方法：在"大暑"前后，把麦糠与水拌均，堆在平地上，堆高2~3m，长宽不限，表面加盖塑料薄膜，经1~2天，堆温可达50℃以上，发酵3天后即可拆垛用于基肥，扒垛时，将四周及堆底半尺厚发酵温度不足40℃的麦糠扒开，重新堆积发酵。
2.3 改自留种为购良种 麦田病麦与无病麦混合收割脱粒时，种子间夹带大量病体残屑。而正规种子生产部门生产的良种，经严格精选，无杂质，杜绝了病菌传播。
2.4 改浅耕为深翻 实践证明，深翻50~60cm可使小麦全蚀病白穗率降低80％以上，深翻后，需增施有机肥提高土壤肥力。
2.5 改单一施肥为配方施肥 合理搭配肥料，培肥地力，促进小麦健壮生长也是防治该病的一项重要措施。
3 增施有机净化肥 麦田严禁施用未经高温处理土粪、麦糠、秸秆等，防止病菌随土粪扩散。
